Il trasporto di Cristo, più noto con il nome della Deposizione di Raffaello fu dipinto per Atalanta Baglioni in memoria del figlio Grifonetto, ucciso nelle lotte per la signoria di Perugia e collocato nella chiesa di San Francesco della stessa città nel 1507. Nella città rimase per 101 anni, finché nottetempo, con la complicità del clero, il dipinto fu prelevato e inviato a Paolo V che lo donò al nipote per la collezione, ed entrò così a far parte del patrimonio privato dei Borghese. In seguito al trattato di Tolentino il dipinto fu trasferito nel 1797 a Parigi. Dopo il ritorno a Roma nel 1816, soltanto la scena centrale fu restituita alla collezione Borghese, mentre le tre Virtù teologali, Fede, Speranza e Carità della predella rimasero ai Musei Vaticani (la cimasa di Tiberio Alfani, finì nella Galleria Nazionale dell'Umbria).

La grande pala offre la scena a modo di un rilievo romano e s'ispira ai rilievi presenti su sarcofagi romani raffiguranti il trasporto di Meleagro. Interessante è notare che nel disegno preparatorio l'autore aveva previsto il Cristo giacente per terra come nel Perugino, ma nella realizzazione intervenne l'idea del trasporto alla maniera antica di un rilievo, studiato a Firenze probabilmente con l'esempio del sarcofago Montalvo (oggi Milano, coll. Torno). Ma anche un tributo a Michelangelo è percepibile nella composizione di Cristo (cfr. Pietà, San Pietro) e nella figura che si gira di profilo per sorreggere la madonna ripetendo un movimento simile a quello raffigurato nel Tondo Doni (Uffizi, compiuto un anno prima della Deposizione).