Ispirata al motivo francescano - l'evento delle stimmate ricevute sul monte della Verna nel 1224 - la grande pala del Barocci con le Stimmate di San Francesco si trova nella seconda sala dell'Appartamento roveresco della Galleria Nazionale delle Marche. L'opera coglie il momento della visione estatica, il rapporto tutto intimo tra il santo di Assisi e l'apparizione celeste. La luce abbacinante che emana dal Serafino e imprime il martirio corporale su san Franscesco, ritaglia sul fondo, nel desolato e fosco anfratto del paesaggio appenninico, l'inconfondibile facciata della chiesetta cappuccina urbinate, rischiarata dal bagliore di un fuoco attorno al quale pastori con i loro greggi assistono alla tragica uccisione di uno di essi: nuovi Caino e Abele, allusivi al messaggio che il santo, nell'identificazione con Cristo crocifisso, affida all'umanità.